野洲川下流域で最も古い人間の痕跡は、野洲市の小堤遺跡、夕日ヶ丘遺跡で見つかった石器時代の遺物です。
滋賀県でこの時代の石器が見つかるのは非常に少なく、生活の詳しいことは判っていませんが、石器時代から人々がここに住んでいたことが判ります。

守山市の赤野井湾遺跡の湖底からは、守山市で最も古い縄文時代早期末（約6400年前）の土器や石器、 縄文人の生活跡が見つかっています。ここは現在の水面より約5ｍも低くなっています。水位変動やびわ湖の沈下によって遺跡が湖底に沈んだ結果だと考えられます。
赤野井湾遺跡からは、集石土坑と呼ばれる「蒸し焼き用の調理穴」が3基見つかっています。穴の中には こぶし大の石や土器が1500個前後詰め込まれていました。これは、捕獲した魚や動物と一緒に焼けた石を投げ込んで蒸し焼きにして食べたものと思われます。ここからはコイやフナなどびわ湖で獲れる魚だけではなく、イノシシやシカの骨、ヘビやネズミの骨まで多様なものが見つかります。また、植物では、ドングリ類、クリやマメの種などが見つかっており、縄文人の食生活を垣間見ることができます。

縄文前期（約5300年前）になると、赤野井湾遺跡に隣接して草津市の津田江湖底遺跡にも集落が現れます。この時期、湖岸周辺は比較的安定して食糧が得られる住みやすい場所であったのでしょう。同じ頃、湖岸から離れた扇状地にも住居の痕跡が認められますが、密度は低いです。
縄文中期（約4500年前）から後期初め（約4000年前）にかけて、集落は湖岸周辺から氾濫原〜扇状地にかけて広がっていき、竪穴住居や土坑などの遺構、土器や石器などの遺物が見つかります。
この時期の遺跡としては、守山市の経田遺跡、下長遺跡、塚之越遺跡、古高遺跡、栗東市の霊仙寺遺跡、草津市の北太田遺跡などがあり、比較的近接した範囲に分布しています。

【当時の人々が使った道具】

縄文中期、後期の石器、土器を見てみましょう。



野洲川下流域の縄文遺跡で見つかった土器を示します。

「縄文土器」と言えば、火焔土器や凝った装飾を施した土器を思い浮かべますが、西日本では薄くて質素な土器が作られていました。これらの土器は、東海地方や近畿東部の影響をうけており、また、瀬戸内を中心に分布する土器が見つかっています。
サヌカイト、土器の形式のほか新潟県原産のヒスイを用いた丸玉が見つかっており、この当時から広い交流・交易があったことがわかります。

縄文時代と言えば、土偶もよく知られています。野洲川下流域でも守山市の播磨田城遺跡で2点の土偶が見つかっています。これは、人形型の有名な土偶とは異なり、顔だけのシンプルな土偶です。顔面には並行する細い線で入れ墨を表しています。
また、赤野井湾遺跡から東日本系の屈折土偶も見つかっています。膝を折り曲げて座っている格好で、足には指を描いてあり、女性器も表現されています。

さらに、縄文晩期（約2600年前）になると集落は野洲川下流域のほぼ全体に広がっていきます。 そうして、水耕稲作がこの地にももたらされ弥生文化との接触が始まります。 縄文晩期の遺跡から出土する土器を調べると、縄文土器だけが出てくる遺跡群と縄文土器および弥生前期の土器が一緒に出てくる遺跡群があります。 後者のケースを考えると、水耕稲作の文化をもった弥生人がこの地にやってきて稲作を始めただけではなく、その技術を受け取った土着の人がその地で水耕稲作をはじめたと考えられます。 地図上で、後者の遺跡分布を見ると、湖岸や川の傍の湿地帯に集落が多く見られます。まだ未熟な稲作技術でも米つくりがしやすい場所から稲作が始まったのでしょう。 こうして縄文のムラが弥生のムラに変わっていき、稲作文化が定着して、本格的な弥生時代を迎えるのです。

出典：守山市誌（考古編） 「野洲川下流域平野における縄文時代晩期の遺跡」

縄文早期から人々がここに住み、稲作文化の到来を受け、初期の稲作に適したびわ湖湖岸周辺や河川近くの低湿地帯で稲作を始めました。